Tang lễ của Jan Palach diễn ra ngày 25.1.1969 ở Praha, đã biến thành một cuộc biểu tình lớn phản đối việc chiếm đóng của Liên Xô, rồi một tháng sau (ngày 25.2.1969) một sinh viên khác - Jan Zajíc – cũng tự thiêu ở cùng một chỗ, và tới tháng 4 cùng năm, một người khác - Evžen Plocek – cũng tự thiêu ở Jihlava.

Ban đầu, Palach được mai táng ở nghĩa trang Olšany. Do ngôi mộ của anh trở thành nơi linh thiêng quốc gia, nên cơ quan Công an mật vụ Tiệp Khắc (StB) bắt đầu phá mọi ký ức về kỳ công của Palach và khai quật xác anh trong đêm 25.10.1973, sau đó đem đi thiêu rồi gửi tro hài cốt cho mẹ anh ở thành phố quê hương Všetaty của anh.[5] Bà mẹ của Palach đã không được phép chôn bình tro hài cốt của anh trong nghĩa trang địa phương cho tới năm 1974. Ngày 25.10.1990, bình tro hài cốt của anh được chính thức đem trở lại nơi nguyên thủy ở Praha.

Trong ngày giỗ thứ 20 của Palach đã có những cuộc biểu tình gọi là "Tuần Palach". Một loạt các cuộc biểu tình ở Praha từ ngày 15 tới ngày 21 tháng 1 năm 1989 bị cảnh sát đàn áp, đánh đập các người biểu tình, sử dụng vòi rồng phun nước, thường bắt bớ người qua đường trong khi xung đột. Tuần Palach được xem là một trong những cuộc biểu tình mang lại chất xúc tác khiến cho chế độ cộng sản tại Tiệp Khắc phải sụp đổ 11 tháng sau đó.

Nhiều cuộc tự thiêu sau này có thể đã bắt chước theo mẫu của Jan Palach. Trong mùa xuân năm 2003, tổng cộng có 6 thanh niên người Séc đã tự thiêu đến chết, đáng kể nhất là Zdeněk Adamec, một sinh viên 19 tuổi ở Humpolec đã tự thiêu ngày 6.3. 2003 tại hầu như cùng chỗ với Jan Palach trước Nhà bảo tàng quốc gia ở Praha, để lại một thư tuyệt mệnh nhắc tới Palach cùng những người đã tự sát khác trong vụ Mùa xuân Praha 1969.[6])